국세청, 삼광의료재단 비정기세무조사 실시한 까닭은?

(조세금융신문=김필주 기자) 국세청이 최근 진단검사의학 및 병리학 검사 서비스를 전국 병·의원에 제공하는 공익법인 삼광의료재단을 상대로 세무조사에 착수함에 따라 조사 배경에 의약·의료업계의 시선이 집중되고 있다.

앞서 지난 1월말 국세청은 또 다른 의료 관련 공익법인인 하나로의료재단을 세무조사한데 이어 삼광의료재단까지 세무조사 대상에 포함하는 등 조사 범위를 넓히고 있기 때문이다.

특히 이번 삼광의료재단에 대한 세무조사는 탈세 등 특정 혐의점이 파악됐을 때 실시하는 비정기(특별)세무조사인 것으로 전해짐에 따라 업계의 이목이 더욱 쏠리고 있다.

20일 세정당국 및 업계 등에 따르면 지난 4월말 서울지방국세청 조사4국은 삼광의료재단을 대상으로 비정기세무조사에 착수했다.

비정기세무조사는 금융거래 분석, 현장 정보, 제보(내부 고발 등) 등을 통해 탈세 의심 정황이 발견될 경우 국세청이 실시하는 정밀 조사다. 조사 대상에 사전 통지한 뒤 조사가 이뤄지지만 사안의 중요성에 따라선 불시에 조사가 진행되기도 한다.

국세청 관계자는 ‘조세금융신문’과의 통화에서 “현행 법상 개별세무조사 사안은 일체 알려줄 수 없는 점 양해 바란다”고 전했다.

또 다른 국세청 관계자는 “의료재단의 경우 공익법인(비영리법인)에 속하긴 하지만 사실상 수익사업을 영위하는 경우가 많아 세정당국이 세무조사 과정에서 좀 더 관심을 갖고 점검하는 편”이라며 “특히 이사장 포함 특수관계인의 비자금 조성 등 법인자금 유용 행위, 진료 수입 누락 여부, 비과세 급여 과다 적용 등 인건비·복리후생비 허위 계상, 임대료 과다지급·일감몰아주기 등 특수관계자 부당지원거래, 건물 등 부동산 취득 자금출처 불분명 등의 사안을 중점적으로 들여다 본다”고 설명했다.

◇ 국세청, 입찰 담합 및 일감몰아주기 과정서 발생한 탈세 의혹 등 정조준하나

한편 업계 일각에서는 삼광의료재단을 대상으로 한 국세청의 비정기세무조사가 입찰 담합, 일감몰아주기 등에서 발생한 의혹을 정조준한 것일 수도 있다는 우려가 나왔다.

앞서 작년 10월 중순경 공정거래위원회는 삼광의료재단, 서울의과학연구소, 씨젠의료재단 등이 병·의원의 혈액검사 등의 입찰 과정에서 담합 행위를 저지른 것으로 의심하고 현장조사를 펼친 바 있다. 삼광의료재단은 혈액검사·염색체·바이러스 검사 등을 포함해 4000여 가지 이상 진단 검사 서비스를 병·의원에 제공하고 있다.

당시 공정위는 삼광의료재단 등이 대형 병·의원에서 발주한 혈액검사 입찰을 앞두고 사전에 가격 담합했다는 의혹을 집중적으로 살펴본 것으로 알려졌다.

입찰 담합 자체는 공정거래법 위반 사항이기에 공정위 관할 사안이다. 그러나 입찰 담합 과정에서 발생한 부당이득, 소득탈루, 법인자금 유출 등의 사안은 국세청 세무조사 대상에 속한다. 공정위 현장조사 이후 1년이 채 되지 않은 시기에 국세청 세무조사가 이뤄졌기에 업계 일각에서는 입찰 담합과 세무조사간 연관성에 주목하고 있다.

현재까지 조사 현황을 문의한 ‘조세금융신문’과의 통화에서 공정위 관계자는 “현재까지도 삼광의료재단 등의 입찰 담합 의혹을 조사 중이기에 자세한 내용을 밝힐 순 없다”면서도 “다만 조사를 마무리하는데로 심사 과정을 거쳐 9명의 위원으로 구성된 위원회에 조사 자료 일체를 전달할 예정이다. 이후 위원회에서는 심리 과정을 거쳐 해당 입찰 담합 의혹이 실제 위법 행위에 속하는 지 판단하는데 위법 행위로 결론 날 경우 제재 수위를 결정하고 보도자료 배포에 나설 예정”이라고 밝혔다.

이와함께 업계는 삼광의료재단의 일감몰아주기 이슈가 이번 세무조사에서 집중적으로 다뤄질지 눈여겨 보고 있다. 재단 산하 검체·유전자 검사 서비스 업체 삼광랩트리의 최근 2년간 매출 대부분이 재단과의 거래를 통해 발생해서다.

삼광랩트리가 공시한 감사보고서에 따르면 삼광랩트리는 지난 2023년 전체 매출 523억원 중 514억원(98.3%)이, 2024년에는 전체 매출 409억원 가운데 408(99.8%)억원이 각각 재단과의 거래로 발생했다.

반면 삼광의료재단과 같은 공익법인의 경우 일감몰아주기 규제 사각지대에 놓여 있어 세무조사를 통한 검증이 어려울 수도 있다는 지적도 나온다.

한 시민단체 관계자는 “일단 공익법인은 대기업집단과 달리 공정거래법상 일감몰아주기 규제 대상이 아니다”라며 “또 현행 상증세법상 공익법인의 일감몰아주기는 특수관계인간 거래에 속하고 이를 통해 정상가액의 초과이익을 얻었을 때 과세토록하고 있는데 문제는 해당 거래가 정상가액으로 판정된다면 수익이 과도해도 과세할 수 없다”고 설명했다.

이어 “따라서 공익법인은 공정거래법상 사익편취 규제를 적용받지 않고 세법상 과세 실효성도 낮아 오너일가의 자산관리 수단으로 악용될 가능성이 높다”며 “대선 이후 차기 정부 및 국회는 관련 법 개정 등을 통해 공익법인의 일감몰아주기 규제를 촘촘히 재설계할 필요가 있다”고 강조했다.

국세청 홈택스에 공시한 삼광의료재단 공시 내역에 의하면 지난 2024년 삼광의료재단의 총자산 규모는 1293억원, 부채는 481억원으로 각각 집계됐다. 총자산은 토지 9억원, 건물 22억원, 금융자산 513억원, 기타자산 749억원으로 구성됐다.

재단이 지난해 거둬들인 수익은 총 2095억원으로 이중 기부금·보조금·회비수익은 전무(全無)하며 기타 사업수익이 1920억원으로 사실상 의료 관련 사업으로 벌어들인 수익이 대부분이다.

한편 ‘조세금융신문’은 삼광의료재단에 세무조사와 관련된 사실관계 여부를 문의했다. 재단 관계자는 “언론홍보 대응 부서 연락처를 별도로 알려줄 수는 없다”며 “재단 홈페이지 내 ‘1대 1 문의’ 게시판을 통해 질의 내용을 남기면 유관부서에 전달하겠다”고 답했다. 하지만 현재까지 재단측으로부터 어떠한 답변도 오지 않았다.