[예규‧판례] 흡수합병으로 전부 취득한 부동산…앞서 낸 간주취득세는 이중과세

(조세금융신문=고승주 기자) 조세심판원이 법인이 과점주주가 되어 피합병법인 자산에 대한 간주취득세를 납부한 후 피합병법인을 흡수통합하면서 자산 전체에 대해 취득세를 냈을 경우 앞서 낸 간주취득세는 이중과세에 해당한다는 결정을 내렸다.

심판원은 청구법인 갑이 세종특별자치시장을 상대로 낸 취득세 경정청구 거부에 대한 불복청구에서 청구법인 갑의 손을 들어줬다(조심 2024지2095, 2025.09.16.).

심판원은 “과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다”며 “이 건 토지 취득에 대하여 취득세 등을 이중납부한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다”고 판단했다.

갑은 피합병법인 을에 대해 2019년 10월부터 2020년 11월까지 두 차례에 걸 지분 100%를 취득한 후 을의 보유 토지에 대해 간주취득세를 납부했다.

갑은 을을 흡수합병해 신(을)로 법인이름을 바꾼 후 지방세특례제한법 제57조의2 기업합병‧분할 등에 대한 감면 조항을 통해 을의 보유 토지(쟁점 토지)에 대해 취득세를 납부했다.

이후 신(을)이 된 갑은 과점주주가 되면서 쟁점 토지에 대해 간주취득세를 내고 흡수합병 후 똑같은 땅에 대해 취득세를 또다시 낸 것이니, 중복된 취득세만큼 돌려달라고 세종시에 요구했다.

세종시 측은 취득세는 취득행위에 따라 개별 부과되는 것이며, 서로 동일한 토지라고 하지만 먼저 취득세는 과점주주가 되면서 간주 취득함에 따른 취득세고, 나중의 취득세는 흡수합병하면서 토지를 완전 소유‧등기함에 따라 부과된 것이니 서로 별개의 취득세이고 그러므로 돌려줄 이유가 없다고 맞섰다.

심판원은 과점주주가 된 자에 대한 간주 취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 간주해 취득세를 부과하는 것이라고 선을 그었다.

그러면서 그 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판단했다.

앞서 심판원은 동일한 과세물건에 대하여 과점주주 취득세와 합병으로 인한 부동산 취득에 대하여 부담한 취득세는 이중과세에 해당하여 부당하다는 취지의 결정을 내린 바 있다(조심2021지2347, 2022.10.06.).