비과세로 ‘수당 편법 지급’ 안전관리원, 감사 적발에도 버티다 뒤늦게 “시정”

식품의약품안전처(식약처) 산하 공공기관인 한국의약품안전관리원(안전관리원)이 과세 대상에 해당하는 근로소득 급여 일부를 보수 규정에 없는 비과세 수당으로 4년간 편법 지급해온 것으로 드러났다. 식약처가 자체 감사를 통해 시정을 요구했으나 안전관리원은 잘못된 감사라며 시정 조치를 취하지 않고 있다가 뒤늦게 문제를 인정했다.

30일 국회 보건복지위원회 소속 소병훈 더불어민주당 의원실을 통해 입수한 자료를 보면, 식약처는 지난 6월 종합감사에서 한국의약품안전관리원이 일부 직원들에게 약 4년간 보수를 편법으로 지급해온 사실을 적발했다.

직원들은 보수규정 개정 없이 임의로 신설된 자차수당, 보육수당 등 명목으로 매달 10만~20만원씩을 받았다. 이렇게 지급된 돈은 총 3억원가량, 어떤 직원은 1000만원 이상을 수령했다. 일종의 편법지급으로 마땅히 부과되어야 할 근로소득세가 징수되지 않게 됐다.

식약처는 안전관리원에 감사처분서를 통보하며 편법 지급된 과세대상 근로소득 급여에 대해 국세기본법 규정에 따라 수정신고하는 등 방안을 강구하라고 통보했다. 그러나 안전관리원은 오히려 식약처 감사가 잘못됐다고 반발하며 조치를 따르지 않았다. 안전관리원은 지난 12일 국회에 “소득세법에 따라 적법하게 직원 급여 중 일부항목을 비과세처리하였으나, 보수규정에 근거가 없다는 사유로 근로소득세 징수를 편법으로 운영하였다고 지적한 것은 잘못된 감사라 판단된다”고 했다.

소병훈 의원은 “공공기관이 기재부로부터 편성되지도 않은 예산을 임의구분해 편법으로 수당 지급한 것은 과세표준을 낮추려는 의도로 의심된다”며 “식약처 감사 지적에 따라 시급히 조치를 취하고, 추후 이와 같은 일이 발생하지 않도록 철저히 해야한다”고 말했다.

안전관리원 관계자는 이날 “당시에 충분히 검토를 하지 못한 상황에서 답변을 제출했다”면서 “현재는 감사가 제대로 됐다고 인지하고 있고, 국세청에 수정신고 방안 마련을 위한 자문을 요청해놓은 상태”라고 전했다.