완전자회사를 합병할 때의 세제 혜택과 실무적 고려사항

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합병은 상법에 따라 두 개 이상의 회사가 하나로 합쳐지는 법적 절차로 피합병법인의 권리의무가 합병법인에 포괄적으로 승계됩니다. 이때 순자산을 양도하고 소멸되는 피합병법인은 양도손익에 대한 법인세 문제가, 순자산을 취득하는 합병법인은 합병매수차손익에 대한 법인세 문제가, 구주를 반납하고 대가를 받는 피합병법인의 주주는 의제배당에 대한 소득세 또는 법인세 등의 과세 이슈가 발생할 수 있습니다.

하지만 세법상 일정 요건을 충족하는 적격합병인 경우에는, 합병에도 불구하고 경제적 동일성이 유지된다고 보아 합병 시점에 과세이연 등 세제혜택을 받고 세부담을 절감할 수 있습니다.

이러한 적격합병으로 인정받기 위해서는 합병 전 1년 이상 사업을 영위한 내국법인 간 합병으로, 합병 시 80% 이상의 주식을 교부하여 배정 및 보유해야 하며, 승계 받은 사업을 계속 영위하고, 80% 이상의 근로자를 승계하여 고용을 유지해야 한다는 요건 등을 충족하여야 합니다. 하지만, 예외적으로 모회사가 자회사의 지분을 100% 보유하고 있는 완전자회사를 합병하는 경우에는 해당 요건을 충족하지 않는다고 하더라도 법인세법에 따른 적격합병으로 인정됩니다.

따라서 완전자회사를 합병하는 경우, 합병 시점에 양도손익 등의 이월과세 특례를 적용 받을 수 있습니다. 즉, 피합병법인의 경우 합병법인으로부터 받은 양도가액을 피합병법인의 순자산 장부가액과 동일하다고 보아 양도손익이 없는 것으로 보며, 이에 따라 양도소득에 대한 법인세가 과세되지 않습니다. 또한 합병법인의 입장에서도 피합병법인으로부터 승계받은 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하는 바, 합병매수차손익이 발생하지 않습니다.

한편, 완전자회사를 합병하는 경우 일반적인 적격합병의 사후관리 요건이 요구되지 않으며, 이는 합병 후 사업이나 고용을 계속 유지해야 하는 등의 추가적인 조건이 필요 없음을 의미합니다. 또한 자회사의 이월결손금이나 이월세액공제 등을 모회사로 승계하여 추후 공제를 받을 수 있다는 장점이 있습니다.

다만, 승계받은 결손금이나 세액공제 등을 공제받기 위해서는 주의할 점이 있습니다. 합병법인이 이월결손금 등을 공제받기 위해서는 승계받은 사업과 그 외의 사업을 구분하여 각각 다른 회계로 기록해야 합니다. 즉, 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금 및 이월세액공제액은 잔존기간에 한하여 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에 한해 공제가 가능하기 때문에, 승계받은 사업과 그 외의 사업을 구분경리하여야 합니다.

다만, 예외적으로 동일 사업을 하는 법인 간 또는 중소기업 간 합병하는 경우에는 구분경리를 하지 않을 수 있으며, 이 경우 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액은 전체 소득금액을 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 안분하여 계산합니다. 즉, 이 경우 구분경리와 안분계산 두 가지 방법을 선택할 수 있으며, 이때 실무상으로 구분경리가 가능한지, 피합병법인에게 승계받은 사업에서 향후 발생할 예상 소득금액이 얼마인지, 사업용 자산가액 비율은 얼마인지 등을 종합적으로 고려하여 결정해야 합니다.