연구비도 부족한데 세금까지…이럴 땐 ‘R&D 공제 사전심사’ [D:로그인]

4차 산업혁명 속 AI·로봇 시대 개막

기업 미래 신기술 개발이 곧 경쟁력

정부, R&D 투자 유도 세액공제 지원

사전심사 제도 도입해 편의 제공

최근 세계는 급변하는 물결 속에 다양한 생존법을 제시하고 있습니다. 기후변화 등 자연재해에 대응하기 위한 탄소 중립, 디지털 첨단 기술을 접목한 4차 산업혁명 등 저마다 시장 선점을 위해 발 빠르게 움직이고 있습니다. 정부와 공공기관 역시 이러한 변화에 적응하기 위한 중장기 계획을 수립 중입니다.

데일리안이 기획한 [D:로그인]은 정부와 공공기관 신사업을 조명하고 이를 통한 한국경제 선순환을 끌어내고자 마련했습니다. 네트워크에 접속하기 위해 거치는 [로그인]처럼 정부·공공기관이 다시 한국경제에서 활약하는 모습을 조명할 수 있기를 기대합니다. <편집자 주>

급변하는 경제 환경에서 기술력 고도화는 생존 경쟁이다. 연구개발(R&D) 활동에서 뒤처지는 기업은 결국 업계 내 경쟁력을 잃는다. 최종적으로는 도태될 수밖에 없다. 인공지능(AI)과 로봇 사회로 가는 산업 구조 변화에 따른 대세적 흐름이다. R&D는 기업의 생존 문제와 직결한다는 의미다.

R&D는 당장 효과를 기대할 수 없다. 결과 자체를 알 수 없다는 게 더 정확한 설명이다. 연구와 기술 개발에 실패할 수 있기 때문이다. 자본력이 약한 중소기업이 R&D에 투자를 주저하는 이유다.

재정 문제로 R&D 투자를 머뭇거리는 기업을 위해 정부가 여러 지원에 나서고 있다. 직접 지원부터 금융 융자까지 산업 전 분야에 걸쳐 R&D 투자를 유도 중이다.

정부 R&D 지원 가운데 하나가 연구·인력개발에 투입한 자금에 대한 세액공제(이하 R&D 세액공제)다.

국세청 설명에 따르면 R&D 세액공제는 내국인이 연구·인력 개발비로 지출한 금액의 일정 비율을 법인세에서 공제하는 제도다. 1982년 최초 도입한 연구·인력 개발비 세액공제는 40여 년 동안 여러 차례 수정을 거쳐 현재에 이른다.

2025년 기준 세액공제율은 기업 규모와 연구 성격으로 각각 구분해 지원한다. 중소기업은 국가전략기술 경우 40~50%, 신성장·원천기술 30~40%, 일반 R&D 25%다.

중견기업과 일반기업은 국가전략기술 30~40%, 신성장·원천기술 20~40%다. 일반 R&D는 중견기업 8~15%, 일반기업 0~2% 지원한다.



R&D 세액공제는 법인 전체 세액공제의 32% 수준이다. 금액으로는 2023년 기준 4조5000억원에 달한다. 2019년 2조2000억원과 비교하면 두 배 이상 늘었다. 법인세 전체 세액공제가 같은 기간 6조3000억원에서 14조1000억원으로 늘어난 것과 비슷하다.

문제는 세액공제 대상과 기준이 복잡하고 다양하다는 점이다. 비용 인정 범위나 연구 활동 범위 등에 관한 기준이 제각각이다. 이 때문에 세액공제를 원하는 기업과 주무 부처인 국세청 사이 이견이 발생하는 경우가 많다. 특히 공제 대상 여부를 분명하게 몰라 잘못 신고했다가 세무조사에서 걸려 가산세를 받는 경우가 발생할 수도 있다.

국세청은 이런 문제 발생을 사전 차단하기 위해 R&D 세액공제 사전심사 제도를 2020년부터 운영 중이다.

R&D 세액공제 사전심사 제도는 공제를 신청하기 전에 지출한 비용이 R&D 비용에 해당하는지를 국세청에 미리 심사해 달라고 요청하는 내용이다. 기업은 홈택스나 지방국세청, 세무서를 통해 연중 심사를 신청할 수 있다.

국세청에 따르면 제도 시행 이후 사전심사 신청 건수는 해마다 늘고 있다. 2020년 1547건에서 2021년 2332건, 2022년 2439건으로 늘었다. 2023년에도 2440건을 기록했고, 지난해는 2504건으로 늘었다.

사전심사 장점은 공제 대상 여부를 전문가(국세청)가 판단해 준다는 것과 함께 기업의 ‘책임’을 면제해 준다는 점이다.

만약 기업이 사전심사 결과에 따라 법인세를 신고했는데, 이후 실제 신고 내용 확인에서 심사 결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소 신고 가산세를 면제받는다. 심사결과에 따라 신고한 경우 신고내용 확인과 감면 사후관리 대상에서도 제외된다.

국세청은 기업이 사전심사를 신청할 경우 세법상 R&D에 해당하는지, 비용은 적정한지 두 가지 측면에서 검토한다.

R&D 해당 여부는 기업이 신청한 내용이 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동인지를 살피는 과정이다. 더불어 새로운 서비스와 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동인지를 확인한다.



전문성이 필요한 R&D 심사는 신속하고 정확한 심사를 위해 9개 분야별 전문심사관이 검토를 전담한다.

비용 측면은 기업이 지출한 금액이 조세특례제한법에서 정한 공제 대상인지 여부를 먼저 확인한다. 이미 지출한 비용뿐만 아니라 향후 지출할 비용도 신청할 수 있다.

연구과제가 여러개면 세부 과제별로 따로 신청해도 된다. R&D 활동인지 아닌지만 확인받을 수도 있다.

다만, 세액공제를 이미 신청했건, 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부하면 심사에서 제외될 수 있다.

심사는 비대면을 원칙으로 한다. 심사 담당자는 기업이 제출한 서류만으로 정확한 판단이 어려울 때 보완을 요구하거나, 신청인 동의하에 현장 확인을 할 수 있다. 심사 결과에 이의가 있으면 1회에 한해 재심사 신청도 가능하다. 재심은 최초 심사했던 담당자가 아닌 다른 사람으로 대체된다. 합동검증 등을 통해 심사 객관성도 키운다.

기술 관련 자료인 만큼 보안도 철저하게 관리한다. 기업이 제출한 문서는 암호화한다. 열람 권한은 심사 담당자로 제한한다. 서류 제출 때 영업비밀과 구체적 수치 등은 가려서 제출해도 된다.

전문가들은 R&D 세액공제는 기업의 연구개발비를 유의미하게 증가시키는 효과가 있다고 분석한다. 특히 중소기업 연구개발비의 지속적인 확대를 이끈 효과가 있다.

한국조세재정연구원은 2021년 ‘연구·인력개발비 세액공제가 기술혁신에 미친 영향’이란 보고서를 통해 이같이 진단했다.

당시 임홍래 한동숙 연구위원은 “연구·인력 개발비 세액공제는 중소기업과 대기업의 특허 수를 유의하게 증가시키는 효과가 있었다”며 “연구·인력 개발비 세액공제가 기업 연구개발 활동을 촉진하는 효과가 있으며, 연구 개발 성과는 일부 특허로 출원되기도 한다”고 분석했다.