[예규‧판례] LNG운송 공급가액 누락한 세금계산서 가산세…타 항목에서 확인되면 ‘부당과세’

(조세금융신문=고승주 기자) 조세심판원이 LNG운송 공급가액 일부를 누락한 세금계산서에 대해 불성실가산세를 부과한 것과 관련, 여타 기재항목에서 충분히 확인할 수 있다면 가산세를 부과하는 건 부당하다는 판단을 내렸다.

심판원은 LNG 운송업체 A가 분당세무서장을 상대로 부가가치세법상 세금계산서 기재 불성실 가산세를 부과한 건은 부당하다며 제기한 심판청구에서 가산세 취소 결정을 내렸다(조심 2025중1303, 2025.09.17.).

심판원은 “쟁점세금계산서에는 필요적 기재사항인 공급가액과 관련하여 착오 또는 과실로 쟁점이자수익만큼 기재가 누락되었다”면서도 “해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 허위계산서(사실과 다른 세금계산서)로 보지 않는다”고 전했다.

LNG 운송업체 A는 2008년경 조선소에서 선박 4척을 산 후 가스공사에 연간 350~400만톤의 LNG를 운송하는 계약을 맺었다.

해상운송 운임을 계산할 때는 일반적인 운송 뱃삯 외에도 해운사의 선박 대출 이자비용 등 차입금 이자가 포함될 수 있다(자본비 중 이자비용).

선박은 워낙 비싸서 대출을 끼고 사거나, 돈 주고 배를 빌리는 데 이탓에 발주자는 해운사에 선박 구입 대출 이자비용를 포함해 뱃삯을 지불한다.

A와 가스공사가 맺은 수송계약에는 배를 사면서 부담하게 된 선박 자본비 및 그 이자비용, 경비, 운항비, 해운사 운영비용 등이 포함돼 있었다.

부가가치세법에 따르면, 해상수송운임은 부가가치세 세율 0%(영세율)을 적용받는다.

영세율은 면제나 면세와 효과는 비슷하지만, 엄연한 과세대상이며 누락했을 경우 불성실 가산세를 부과받을 수 있다.

과세대상 거래들을 다 알아야 양쪽에게 제대로 세금을 부과할 수 있기 때문이다.

그런데 A는 부가가치세 신고를 위한 세금계산서를 발행하는 과정에서 영세율 대상에 이자비용을 누락했다.

A는 이자비용을 면세사항인 비금융업자 금융리스로 오판했기 때문이라고 주장했다.

과세대상인 것을 속이려고 누락하려 했다면, 이자비용을 모르도록 해야 할 것인데 A는 세금신고를 하면서 제출했던 세금계산서 및 첨부서류에 이자비용을 쉽게 파악할 수 있는 정보를 충분히 기재했다고 강조했다.

A의 세금계산서에는 공급받는 자의 등록번호, 작성연월일 등 필요적 기재사항이 정확히 적혀 있고, 종목(외항화물운송), 품목(Ocean Freight), 선박 이름은 임의적 기재사항으로 적혀 있었으며, 부가가치세 신고 당시 제출했던 외국환입금확인서(첨부서류)에는 이자 비용도 나와 있었다.

누구에게 뱃삯을 받고, 무엇을 어떤 배로 날랐으며, 첨부서류에 어떤 이유로 돈이 오갔는지도 나와 있으므로 비록 세금계산서가 다소 하자가 있지만, 큰 틀에서 거래사실이 확인되며(거래사실의 인정), 부가가치세를 탈루한 것도 아니라는 뜻이다.

이에 분당세무서를 관할하는 중부지방국세청은 명백히 뱃삯에 포함된 이자비용을 누락한 건 착오나 과실도 아니며, 세금계산서 내 다른 기재사항을 봐도 거래사실이 명확히 확인되지 않는다고 반박했다.

A의 세금계산서내 필요적 기재사항을 누락한 것(선박 자본비 및 자본비 이자)은 A의 실수이며, 세법상 가산세는 의무 위반에 대한 일종의 행정상 제재인데, 납세자가 의무를 제대로 이행할 수 없는 특별한 사정이 있지 않는 한 부과하는 게 마땅하다고 강조했다.

심판원은 “필요적 기재사항인 공급받는 자의 등록번호와 작성연월일은 제대로 기재되어 있는 점, 임의적 기재사항에 종목, 품목, 선박 이름 및 비고 등으로 보아 해당 세금계산서는 쟁점계약과 관련한 세금계산서로 볼 수 있다”고 전했다.

▲부가가치세 신고 시 영세율 과세표준 첨부서류로 외국환입금확인서 등을 제출한 점 ▲그 서류에 이자수익이 포함되어 있어 처분청이 별다른 주의를 기울지지 않아도 거래사실을 확인할 수 있다고 볼 수 있는 점 ▲청구법인이 이자수익을 세금계산서상 공급가액에서 누락했으나, 그로 인해 부가가치세가 탈루되었다거나, 거래처의 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 한 것으로 보이지 아니한 점 등을 이유로 들었다.