[이슈체크] 올해 심층평가 대상 조세지출 27건…중소기업 고용‧감면 포함 (上)

(조세금융신문=고승주 기자) 중소기업 대표적인 세액공제인 ‘통합고용증대세제’와 ‘중소기업 특별세액감면’이 올해 조세지출 심층평가 대상이 됐다.

조세지출 심층평가 대상은 법에 의해 300억 이상 조세지출 및 종료기한이 도래한 항목은 의무로 평가해야 한다.

기재부 장관이 임의로 심층평가 대상으로 지정하기도 하는데, 요는 성과가 있는지 중복 지출이 있는지 살펴보겠다는 것이다(조세특례 심층평가 운용지침 제5조).

조세감면은 즉시 피부로 닿는 항목들이며, 올해 심층평가 대상에는 중소기업과 중소상공인들 관련 굵직한 공제들이 다수 포함돼 있다.

◇ 단골평가 ‘신용카드 등 사용금액 소득공제’

이번 심층평가 대상 가운데 가장 큰 공제는 신용카드 등 사용금액 소득공제다.

김대중 정부 때 현금사용을 줄이고, 카드 사용을 촉진해서 사업자들이 매출을 숨기는 것을 막기 위해 들어왔다.

모두가 카드를 사용하고 있어서 논리적으로는 폐지가 마땅하긴 하지만, 제도 목적과 무관하게 실익 측면에서 유지될 수밖에 없는 제도다.

그러나 지출에 대한 전액공제(손금 처리)가 가능한 사업자들과 달리 근로자는 신용카드 등 소득공제를 빼면 지출에 대한 공제를 받을 방법이 없다.

올해 예상 지출액은 4조3693억원으로 모든 조세지출 가운데 상위 3위다.

◇ 중소기업 특별세액감면, 30년 넘는 전통의 공제

중소기업에 대한 특별세액감면은 중소기업 대표 세액공제로 30년 넘게 유지되는 제도다.

본점 소재지·업종·기업규모 등에 따라 소득세·법인세의 5~30%를 세액감면해주는 제도인데, 지방에 있는 소형 기업이고, 주로 제조업종에 혜택을 준다.

일각에선 폐지 또는 조정할 필요가 있다고 주장한다. 30여 년 전에 이 법이 들어왔을 때와 지금은 상황이 다르고, 받지 않아도 될 영역이 있다는 이유다.

하지만 워낙 많은 중소기업이 지원받는 데다 굳은살 잘라내려다 생살을 자를 수 있다는 이유로 법정 평가 기간이 올 때마다 잘 넘겨왔다. 올해 예상 감면 규모는 2.5조원이다.

◇ 통합고용세액공제, 비정규직‧정규직 전환공제 자른다

통합고용세액공제는 기업의 채용을 독려하기 위해 들어온 제도다.

전체 지출의 87.9%가 중소기업이고, 대기업은 1.6% 정도 지원된다(출처: 2025 조세지출예산서 분석, 국회 예산정책처).

고용인원에 비례하여 기업규모·소재지·채용 대상에 따라 3년간 공제율이 차등 적용되고, 육아휴직 복귀 인원에 따라 1년 추가공제를 준다.

통합고용세액공제는 올해 예상 지출이 4조원이고, 향후 늘어날 가능성이 있다.

기재부는 비정규직을 정규직으로 전환할 경우 세액공제를 주던 것을 폐지대상으로 삼았다. 금액은 99억원 정도로 추정된다. 공제 내용은 중소기업 정규직 전환 1명당 1300만원, 중견기업은 1명당 900만원이다.

대신 정부는 지난해 세법개정 등을 통해 남성에게 적용하지 않던 경력단절자 공제를 현행 제도에 포함한 바 있다.

◇ 일반 벤처투자 3종 심층평가

벤처기업 복수의결권주식 취득 관련 과세특례는 해당 주식을 보통주로 전환할 때까지 양도소득세를 물리지 않는 제도다. 올해 새로 들어와서 얼마의 세금이 쓰일지 모른다.

대단히 특이한 제도인데, 이름은 조세특례인데 시행기한이 없다.

영구적인 특례는 기득권 영구보장이 될 수도 있기에 좋다고 할 수 없고, 그래서 조세특례는 폐지 가능성이 없어보여도 종료시한을 두는 게 통상이다.

이 법의 주 수혜자는 소위 강남 벤처 사업자들인데, ‘강남’이란 말이 상징하듯 강남 사업자 중에는 정치권이나 재계에 제법 연줄을 닿는 사람이 있다고 알려진다.

중소벤처기업부는 이를 위해 지난 1월 강남의 모 빌딩에서 제도 설명회까지 열어줬다.

기재부는 이 법이 최근에 통과, 시행됐다는 이유로 올해는 일반벤처 조세특례 3종 세트를 살펴본다.

내국법인의 벤처기업 등에의 과세특례, 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제, 벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 등 일반벤처 조세특례가 그 대상이다. 이 중에는 만든 지 30년이 넘는 법도 있다.

이 법들은 예전부터 있었고, 현 정부가 벤처투자를 활성화를 위해 2023년 6월 30일에 벤처투자 촉진에 관한 법률 일부개정법률을 개정했다.

제도 구조가 어떻게 되냐면, 기업이 벤처기업에 직접 지분투자(출자)를 하면 그 기업은 투자금에 대해 5% 법인세 세액공제를 받는다.

개인 등 투자자들은 벤처투자회사(벤처캐피탈, VC)가 만든 벤처특화상품(벤처투자조합 등)에 간접투자를 한다. 정부는 VC가 벤처기업 투자를 통해 번 배당금이나 주식 매각 차익에 대해선 100% 법인세 비과세를 적용한다. VC가 그 돈으로 투자자들에게 이익을 돌려주거나 다른 데 투자하는 데 쓴다는 이유에서다.

또한, 투자자(거주자)는 VC가 조성한 펀드인 벤처투자조합에 출자·투자를 하면 투자액 등에 따라 10~100% 소득공제를 받는다.

다만, 벤처투자라는 게 아무나 할 수 있는 게 아니라서 특정 벤처에 투자가 쏠릴 가능성, 특수관계인이 투자에 나설 가능성이 있다.

따라서 무제한적인 법인세 비과세, 특수관계인(특히 회사 임원 및 임원 지인)의 물 끌어오기식 투자는 제도 개선을 통해 어느 정도 걸러낼 필요가 있어 보인다.

여기서 가장 큰 조세지출은 투자자들이 VC 투자 촉진을 위한 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제다. 연 2000억 정도 된다. 공제율이 10%인데, 일몰 기한 연장만 10번이 넘어가는 국밥 공제다(조특법 제16조).

벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 법인세 비과세는 연간 지출금액이 60~70억 원 되는데, 당장은 작아 보이지만, 추후 경제성장률, 기업성장 등을 감안하면 지출 규모가 커질 가능성이 있다.

내국법인의 벤처기업 등에의 과세특례는 연간 500~600억원 정도 지출된다.

◇ 조합법인 순이익 및 조합 등 출자금·예탁금 과세특례

조합법인 등은 법인세를 낼 때 순이익에 세무조정 후 과세표준 20억원을 기준으로 이하는 9%, 초과는 12%의 낮은 세율을 적용한다.

조합법인에는 농협, 수협, 신협, 생협, 새마을금고 등이 포함된다.

현행 형태로 들어온 건 아무리 짧게 잡아도 10년이 넘었고, 초기 도입으로 보면 들어온 지 50년 정도 됐다.

그래도 지출액이 작은 규모는 아닌데 올해 전망치 기준으로 3444억원이다.

일각에선 조합법인이란 이유만으로 저세율을 적용하지 말자는 의견이 있다. 조합원 대상 사업이익에 대해서만 저율 과세하고, 비조합원 대상 사업은 그냥 일반 법인처럼 활동하는 것이니 통상의 법인세율을 적용하는 게 타당하다는 취지다.

◇ 축소하기 어려운 공제

조합 등 출자금·예탁금 배당 비과세

주택청약‧비과세 종합저축 특례

현 정부에서 대폭 밀어준 조세지출이 몇 가지 있는데, 그중 하나가 농협 등 조합 출자금·예탁금에 대한 배당소득 비과세다.

예전에는 연간 7000억원 정도 되던 제도인데 2023년 세법개정으로 비과세 한도를 1000만원에서 2000만원으로 두 배 올렸다. 그러면서 공제액도 올해 전망치 기준 1조3700억원 정도로 훌쩍 뛰었다.

비과세종합저축 과세특례는 65세 이상 고령자 및 장애인 등을 대상으로 납입한도 5000억 한도 내에서 정기예금, RP, 정기적금, 상호부금, 주택청약 예‧부금, 저축예금 등 저축상품에 이자‧배당 비과세를 주는 제도다.

사람 수가 중요한 공제인데, 고령자가 늘어난 탓인지 연간 지출액이 2023년도 기준 5500억원 정도였다가 2024년 1조1000억원(잠정), 2025년 1조2000억원(전망)으로 늘어나는 추세다. 이건 국회 예정처의 2024년도 조세지출 추정을 훌쩍 뛰어넘은 수준이다.

정치권에서 간혹 지원범위를 늘리자는 목소리가 나오고 있는데, 고령자 증가 속도를 볼 때 지출범위 조정은 신중할 필요가 있다.

주택청약종합저축에 대한 소득공제는 올해 전망치 기준 433억원이고, 청약저축 납입금액의 40%를 소득공제하지만, 연간 공제한도 커트라인이 300만원이라서 증가하기에 제한이 있는 공제다.

◇ 고유목적사업준비금 손금산입 특례

비영리기업이 수익사업에서 번 돈 전액을 고유목적사업(보통 공익사업)을 위한 돈으로 따로 분류‧보관하면(준비금) 그 돈 전액은 언젠가 쓸 돈이기에 이익에도 손금으로 처리하는 특례다.

◇ 수도권 외 본사‧공장 이전 세액감면 축소

정부는 수도권 과밀을 막기 위해 기업이 수도권 밖으로 공장을 이전하는 경우, 본사를 이전하는 경우를 따로따로 분류해서 세액감면을 줬다.

두 개 합쳐서 한 해 감면해주는 규모는 1200억원 정도다.

이 부분은 다소 중복되는 부분도 있고, 제도를 정비할 필요성이 있다는 전문 의견이 제기되기도 했었다.

조세감면 관련 추징과 불복 등 거센 다툼이 벌어지는 영역인데 현재는 제도 축소가 전망된다.

◇ 영농자녀 농지 증여 감면

영농자녀 등이 증여받는 농지 등에 대한 증여세 100% 감면은 농업 유지를 위한 특례다.

연간 지출규모는 400~600억원인데, 공제한도가 5년 내 1억원이기에 아주 큰 항목은 아니다.